Дар охири асри XV давлати темуриён рӯ ба таназзул овард. Бо истифода аз ин вазъият бодиянишини дигар-Муҳаммад Шайбонихон (1499-1510) дар як муддати кӯтоҳ давлати темуриёнро мағлуб намуда, сулолаи шайбониҳоро таъсис намуд. Сулолаи нав дар натиҷаи муборизаҳои шадид ва ҷангҳо бо Темуриён ба ҳаёти хоҷагӣ ва мадании мамлакат таъсири ҳалокатбор расонид. Ҳукмронони баъдинаи ин сулола низ ба ташаккули илму фарҳанги тоҷикон таваҷҷӯҳ зоҳир накарда, бештар ба ҷамъоварии сарват ва дар фикри забт намудани кишварҳои нав буданд. Ниҳоят дар натиҷаи хусуматҳои сулолавӣ ва низоъҳои байни феодалону рӯҳониён соли 1599 охирин намояндаи давлати шайбониён Пирмуҳаммадхони II кушта шуда, ба ҷои он давлати аштархониён (1599-1747) рӯи кор меояд. Асосгузори ин сулола Ҷонимуҳаммад султон (Ҷонибек-султон) буд. ӯ аслан аз авлоди чингизиён буд, ки пас аз пароканда шудани давла¬ти Олтинӯрда дар Аштархон (Астрахан) ҳукумати хонӣ ташкил дода буд. Вақте ки аштархон ба Россия ҳамроҳ карда шуд, Ҷонибек гурехта ба назди Шайбониён омад ва хоҳари Абдуллохони Шайбониро (1563-1588) ба занӣ гирифт. Дар давраи ҳукмронии Аштархониён низоъҳои байни феодалон, аъёну ашрофон ва сулолавӣ низ барҳам хурд.
Аҳволи иқтисодӣ, маданӣ ва сиёсии халқи тоҷик дар ин давра низ рӯи беҳбудиро надид. Ҳаракатҳо ва ҷунбишҳои халқӣ мисли пештара бераҳмона пахш карда мешуданд. Дар натиҷаи сиёсати аштархониён рӯз ба рӯз рӯ ба харобӣ меовард.
Ҳамин тавр, дар миёнаҳои асри XVIII дар натиҷаи кашмакашҳои парокандаи дохилӣ ва харобиҳои иқтисодӣ давлати аш¬тархониён хеле заиф шуда буд. Аз заифии он шоҳи Эрон Нодиршоҳи Афшор истифода бурда, соли 1740 ба Мовароуннаҳр ҳуҷум кард. Яке аз саркардагони давлати аштархониён писа¬ри Муҳаммадҳаким атолиқ-Муҳаммадраҳимбии чоҳталаб ба истиқболи Нодиршоҳ рафта, дар назди ӯ сари итоат фуруд овард. Худи Муҳаммадҳаким, ки аз тарафи Абдулфайзхони Аштархонӣ (1711-1747) барои музокирот ба ҳузури Нодиршоҳ фиристода шуда буд, низ ба манфиати шоҳи Эрон амал кард. Пас аз бозгаштан бо амри Нодиршоҳ Муҳаммадҳаким ҳукмрони Бухоро таъин гардид. Ба ин тариқа, Бухоро ба қаламрави Нодиршоҳ мубаддал шуд.
Соли 1747 Нодиршоҳ бо дасти дарбориёни худ ба қатл расонида шуд ва давлати бузурги ташкилкардаи ӯ фавран рӯ ба завол ниҳод. Аз ин воқеа дере нагузашта Муҳаммадраҳимбой (1747-1758) истифода бурда, Абдулфайзхонро бо ду пасараш ба қатл расонид ва бо ҳимояти табақаи ашрофу рӯуҳониён ба тахти хонии Бухоро нишаста, дар соли 1753 ба силсилаи манғития асос гузошт, ки то 2 сентябри соли 1920 давом намуд. Дар аҳди ҳукмронии ин силсила дар натиҷаи ҷангҳои пай дар пай, кашмакашиҳои зиёди дарборӣ, бераҳмии аъёну ашрофони манғит ва ҳимояти онҳо аз тарафи рӯҳониёни маҳаллӣ зиндагии оммаи меҳнаткашон, махсусан тоҷикон сол то сол вазнинтар ва харобтар мегардид. Вазъияти ноором ба рушди нумӯи маорифи халқ низ таъсири манфӣ расонид.
Дар нимаи дуввуми асри XVI дар натиҷаи ба даст омадани оромиҳои дохилие, ки дар давлати шайбониён пайдо шуд, илму адаб ва фарҳанг рӯ ба инкишоф овард. Дар ин давра Бухоро ҳамчун маркази илму адаб, фарҳангу ҳунар баргузида шуд. Ин амр имконият дод, ки илму адаб, фарҳангу ҳунари дунявӣ нисбат ба гузашта то андозае ривоҷу равнақ ёбад. Масалан, тазкиранависи замон Хоҷа Ҳасани Нисорӣ дар бораи 250 нафар ходимони илму адаб ва фарҳангу ҳунари он давра маълумот додааст. Аксари хо-димони зикркардаи Нисорӣ гарчанде дар ин риштаҳо аз худ осори намоёне боқӣ нагузошта бошанд ҳам, вале ин рақам аз хеле ривоҷу равнақи афкори адабию илмӣ ва фарҳангии он замон шаҳодат медиҳад.
Шайбониёни муғул ба тараққиёти маорифи эронинажодон, ҷумла тоҷикон дилбастагии зиёд надоштанд. Аз ин рӯ, дар аҳди ин силсила низ низоми таълиму тарбия пеш нарафт. Баръакс, намояндагони ин сулола кӯшиш менамуданд, ки садди роҳи пешравии таълиму тарбия гарданд. Дар замони ҳукмронии ин силсила дар соҳаи таълиму тарбия муваффақиятҳои назаррасе дида намешуд.
Дар аҳди шайбониён якчанд мадрасаю масҷид сохта шуд. Ин масҷиду мадрасаҳо маҳз барои ҳашамат ва абадӣ гардонидани хонадони ин силсила сохта шуда буд. Инҳо мадрасаҳои Мири Араб, Абдуллохон, Масҷиди Калон, Масҷиди Баланд ва ғайраҳо буданд.
Нисбат ба аҳди шайбониён дар давраи аштархониён сохтани мадра-саю мактабҳо ва ҷалб намудани мардум ба таълиму тарбия ва саводомӯзӣ бештар авҷ гирифта буд. Мисоли инро мо дар бунёд ёфтани мадрасаҳои нав, ба монанди мадрасаҳои Шердор, Тиллокорон, Кӯкалтош, Надирдевонбегӣ, Абдулазизхон ва ғайраҳо дида метавонем. Руйнавискунии китобу дастхатҳо низ авҷ гирифт. Санъати меъморӣ ва миниётура низ такмил ёфт.
Аз замони ҳукмронии сулолаи манғитиён (1747) то нимаи якуми асри XIX дар ҳаёти иқтисодӣ, маданӣ ва фарҳангии тоҷикон тағйироти гуногуне ба вукӯъ пайваст.
Низоми таълиму тарбияи дар даврони манғитиён низ бетаъсир монд. Он ба рушди мактабу мадрасаҳо низ таъсири бад расонид. Дар мактабҳо беш¬тар ба таълимоти динӣ аҳамият дода мешуд. Ба хондану навиштан он қадар таваҷҷӯҳ зоҳир наменамуданд. Ҳисоб таълим дода намешуд. Омӯхтани Қуръон дар дараҷаи аввал буд. Дар ин асрҳо омӯхтани илми фикҳ, тафсир ва шарҳи ки¬тобҳои дарсии динӣ хеле ривоҷ гирифт.
Дар мадрасаҳо қариб тамоми дарсҳо ба забони арабӣ гу¬зашта, забони тоҷикӣ фақат барои шарҳ ва тарҷумаи баъзе дарсҳо хизмат мекард. Ба ин сабаб муддати таҳсил дар мадрасаҳо ниҳоят дароз шуда, боиси аз донишҳои замона маҳрум мондани наврасони боистеъдод мегардид.
Дар ин асрҳо як гурӯҳ адибони тоҷику форс, ба монанди Бадриддини Ҳилолӣ, Восифӣ, Мушфиқӣ, Сайидои Насафӣ, Фитрати Самарқандӣ, Мирзо Абдулқодири Бедил ва дигарон ақидаҳои худро доири таълиму тарбияи насли наврас баён намудаанд.
Дар нимаи дуюми асри XIX аморати Бухоро аз ҷиҳати иқтисодию фарҳангӣ хеле қафо монда бошад ҳам, мавқеи географӣ, иқлими табиӣ ва сарватҳои ин сарзамин дер боз диққати ҳокимияти подшоҳии рус ва капиталистони Британияро ба худ ҷалб намуда буд. Аз ин рӯ, Британияи Кабир барои тобеи худ намудани ин мавзеъ дар нимаи дуюми асри XIX ба дасисаҳои нави иқтисодию сиёсӣ даст зад. Ин амали Британия ҳокимияти подшоҳии русро, ки дар фикри тобеъ намудани ин сарзамин буд, ба ташвиш овард. Россияи подшоҳӣ ҳавфи ҷиддии аз даст рафтани хонигариҳои Бухоро, Хева ва Қӯқанд ва суст шудани мавқеи иқтисодию сиёсии худро дар ин сарзаминҳо хуб ҳис мекард. Ҳокимияти подшоҳии рус барои мустаҳкам намудани сиёсати иқтисодию сиёсии худ, паст намудани таъсири англисҳо ва бо мақсади барқарор на¬мудани ҳукмронии худ дар ин сарзаминҳо ба иқдоми ҳарбӣ даст зад. Дар соли 1864 барои расидан ба ин мақсад артиши подшоҳӣ хонигарии Қуқанд ва аморати Бухороро истило намуда, онҳоро тобеи ҳукумати худ кард. Мувофиқи шартномае, ки 23 июни соли 1868 байни давлати рус ва аморати Бухоро имзо шуда буд, водии Самарқанд ва қисми шимолии Тоҷикистони ҳозира ба ҳайати генералгубернатори Туркистон (1867) дохил гардид.
Баъди забти аморати Бухоро аз тарафи Россия оҳиста-оҳиста дар ҳаёти минбаъдаи иқтисодӣ, иҷтимоӣ, сиёсӣ ва фарҳангӣ дигаргуниҳо ба амал омаданд, ки дар сарнавишти ояндаи халқи тоҷик бетаъсир набуданд.
Дар ин самт ташкил намудани мактабҳои навро метавон махсус қайд кард. Аввалин мактабҳои русӣ барои ба таълиму тарбия фаро гирифтани фарзандони рус таъсис меёфтанд. Аз ҷумла, ин гуна мактаб дар Хуҷанд соли 1867 кушода шуд, ки он 13 нафар талабаро ба дарс фаро мегирифт. Дуввумин чунин мактаб соли 1870 дар Самарқанд кушода шуд, ки асоси дар оянда кушодани мактабҳои русияю маҳаллӣ гардид.
Аввалин мактаби русии маҳаллӣ соли 1883 дар Самарқанд кушода шуд. Дар ҳудуди Тоҷикистони ҳозира чунин мактабҳо дар Панҷакент (1887), ӯротеппа (1888), Хуҷанд (1895), Конибодом (1906), Хоруғ (1909), Исфара, Нов, Қистакӯз ташкил гардид. Мувофиқи барӯйхатгирии мактабҳо дар соли 1911 дар ҳудуди Тоҷикистони ҳозира ҳамагӣ 10 мактаби русии маҳаллӣ амал мекард, ки 13 муаллим ва 369 хонанда дошт.
Ба барномаи таълимии ин мактабҳо омӯхтани забони гуфтугӯии русӣ, ба забони русӣ хондану навиштан, арифметика, за¬бони тоҷикӣ, маълумот аз таърих ва географияи рус иборат буд. Ғайр аз ин, дар мактабҳо муллоҳои маҳаллӣ ба хонандагон хатти арабӣ ва таълимоти диниро меомӯзониданд. Мӯҳлати таҳсил дар ин мактабҳо 4 сол буд.
Бояд қайд намуд, ки пайдо шудани мактабҳои русӣ, русии маҳаллӣ ба сифати таълиму тарбия низ таъсир расонид. Дар ҷараёни таълим усулҳои нав, аз қабили гузаронидани экскурсияҳо, дарсҳои амалӣ, кор бо китоби дарсӣ ва ғайра истифода бурда мешуд.
Гузашта аз ин, ҳар сол хонандагони пешқадамро барои тамошо ба Россия мефиристоданд, ки он дар тарбияи инсондӯстии ба¬чагон аҳамияти калон дошт.
Дар ин давра, инчунин, ҷамъиятҳои гуногуни илмӣ, оммавӣ, педагогӣ ташкил ёфтанд, ки дар рушду нумӯи низоми таълиму тарбия бетаъсир набуданд. Яке аз ин гуна ҷамъиятҳо, ки нақши бузурге дар низоми таълиму тарбия дошт, ҷамъияти шарқшиносон ба шумор мерафт. Саҳми ин ҷамъият дар ташкил намудани курсҳои забони русӣ барои халқҳои маҳаллӣ, забонҳои маҳаллӣ барои русҳо, тарҷумаи китобҳо, дастурамалҳои методӣ хеле бузур мебошад.
Оҳиста-оҳиста дар афкори иҷтимоию сиёсии мардумони аморати Бухоро дигаргуниҳои назаррасе ба вуҷуд омад. Мақсаду мароми афкори пешқадами ин мардумон дар ҷараёнҳои адабию фарҳангӣ ва иҷтимоию сиёсӣ сурат гирифт. Яке аз ин ҷараёнҳо ҷараёни маорифпарварӣ ба шумор мерафт, ки асосгузори он файласуф ва арбоби намоёни миллати тоҷик Аҳмади Дониш (1827-1897) буд.
Маорифпарварони тоҷик мисли дигар ҳаммаслакони хеш мехостанд, ки бо роҳи тарғиби ғояҳои хайру адолат, паҳн намудани илму маърифат дар байни омма иллатҳои сохти ҷамъиятиро барҳам зада, анъанаю сиёсати давлатдориро дар Бухоро тағйир диҳанд.
Дар баробари ин, яке аз ақидаҳои пешқадами онҳо тағйир додани низоми таълиму тарбия мебошад, ки дар он давра, албатта, дар шуури миллати тоҷик бетаъсир набуд. Онҳо омӯзиши илм, тарзи зиндагӣ, низоми таълиму тарбияи пешқадами ҷаҳонро тарғибу ташвиқ мекарданд. Ғояю афкори онҳоро насли ояндаи маорифпарварон, аз ҷумла ҷадидҳоро ба миён оварданд. Афкори пешқадами онҳо ба пешрафти маънавии миллати тоҷик низ дар он давра кӯмак ра¬сонид.
Пайравони ин ҷараён сохти давлатдории аморати Бухоро, низоми таълиму тар¬бия ва дигар масъалаҳои маданию маиширо сахт танқид карда, на танҳо анъанаҳои маорифпарварони пешинаро ривоҷ доданд, балки барои тағйири кори онҳо тадбирҳои амалӣ меандешиданд.
Дар маҷмӯъ, агар ба низоми таълиму тарбия дар ин давра амиқ нигоҳ кунем, маълум мегардад, ки дар асл он қадар дигаргуниҳои куллӣ дар ин самт ба амал наомадааст. Мактабу мадрасаҳо ҳанӯз ҳам фаъолият мекарданд. Усули таълим аз ҳифз кардани матнҳои динӣ асос ёфта буд ва бо забони арабӣ гузаронида мешуд. Хонандагон ба маънои матнҳо аксар вақт сарфаҳм намерафтанд. Онҳо аввал тарзи хонданро қориёна ёд мегирифтанд, баъд алифборо меомӯхтанд. Аз ин рӯ, аксаркяти хатмкунандагони мактабҳои ибтидоии динӣ фикри худро мустақилона навишта наметавонистанд. Дар мактабҳо ҷазои ҷисмонӣ ба таври васеъ истифода бурда мешуд.
Дар барномаи таълимии мадрасаҳо низ дар ин давра ягон тағйирот ворид нагардид. Баръакс ба омӯзиши фанҳои таълимӣ бештар хислати динӣ дода шуд. Ин мактабҳо бештар қувваҳои эҷодии халқи тоҷикро бозмедоштанд. Аз ин рӯ, нигоҳ доштани чунин муассисаҳои таълимию тарбиявӣ аз тарафи рӯҳониёни исломӣ, бойҳо, ҳокимон ва аз тарафи ҳукумати подшоҳии рус ҳаматарафа дастгирӣ меёфтанд.
Танқиди мактабу мадрасаҳои кӯҳна ва тарғиби ғояи мактаби нав яке аз барномаҳои асосии ҷадидон ба шумор мерафт. Ҷадидон ҳамчун маорифпарварон масъаларо аз танқиди мактаби кӯҳна ва кушодани мактабҳои нав, ки «усули ҷадид» ном дошт, оғоз намуданд
Бояд қайд намуд, ки масъалаи кушодани мактаби «усули ҷадид» асосан солҳои 1890-1900 бо таъсири мактабҳои русӣ ва русии маҳаллӣ ба миён омада буд. Аввалин мактаби усули нав соли 1893 дар Самарқанд ва дар соли 1900 дар аморати Бухоро ташкил ёфт. Дар ташкил намудани ин гуна мактабҳо саҳми равшанфикрони тоҷик Шакурӣ, Мирзо Абдулвоҳид, Мунзим, Айнӣ, Мирзо Муҳиддин Мансуров, Мирхон Порсоев ва дигарон хеле бузург аст. Мувофиқи сарчашмаҳои мавҷуда ва дар асоси ҳисобу китоби муаллифон то Инқилоби Октябр дар амора¬ти Бухоро, вилояти Самарқанд, ноҳияҳои шимолии Тоҷикистони ҳозира ва Помир бештар аз 70 мактаби усули нав фаъолият мекард.
Ташкил намудани мактабҳои усули нав ба низоми таълиму тарбия низ таъсир расонид. Ба барномаи мактабҳои нав таълими забони модарӣ, таърих, география, табиатшиносӣ, ариф¬метика, хондану навиштан ва дигар фанҳои дунявӣ ворид гардиданд. Таълими алифбо бо усули овозӣ ҷорӣ шуд. Шахсияти хонандагон аз тарафи муаллимон эҳтиром карда мешуд. Хонандагон аз рӯи синнусол ба мактаб кабул мешуданд. Барои онҳо давраҳои таътил муқаррар гардид. Оҳиста-оҳиста синфхонаҳо ба тарзи мактабҳои аврупоӣ таҷҳизонида шуданд.
Маорифпарварон китобҳои дарсии нав тартиб медоданд. Намунаи беҳтарини китоби дарсии мактабҳои «усули ҷадидӣ» ки¬тоби «Таҳзибуссибён»-и С. Айнӣ (1909-1917) мебошад.
Намояндагони беҳтарини маорифпарварии тоҷик Аҳмади Дониш, Шоҳин, Савдо, Асирӣ ва дигарон масъалаҳои маориф ва низоми таълиму тарбияро ба тарзи нави демократӣ масъалагузорӣ намуданд, ки ин ҳама дар баланд бардоштани худогоҳиву худшиносии миллии тоҷикон саҳми арзанда гузошт.
